Rugajų Švč. Mikalojaus stačiatikių bažnyčia pastatyta 1915 m. Stačiatikių Balvų apylinkėje atsirado XX a. pradžioje – atvyko iš Ostrovos, Opočkos apskrities ir Pskovo gubernijos, nes Pskovo valstybinis žemės bankas 1904-1906 m. Balvų ir Rugajų vietovėse įsigijo tūkstančius hektarų pelkėtos ir miškais apaugusios žemės, kurią palankiomis sąlygomis suteikė atvykstantiems. Pskovo žemės banko vadovas paskatino statyti dvi naujas stačiatikių bažnyčias Vyksnoje ir Rugajuose, joms pinigų skyrė sinodas ir pats caras Nikolajus II. Rugajų bažnyčiai buvo skirta 36,81 ha, mokyklai – 3 ha žemės. Rugajų stačiatikių bažnyčios ilgis – 25,6 m, plotis – 8,53 m, aukštis – 5,35 m. Prie bažnyčios yra kapinės su 500 kapų. Iš pradžių bažnyčia buvo nudažyta mėlyna spalva. 1937 m. aplink bažnyčią aptverta tvora buvo atstatyta 2009 m.