Senoji Rugajų Nekaltosios Švč. Mergelės Marijos Širdies Romos katalikų bažnyčia buvo pastatyta 1938 m. kaip dviejų aukštų klebonija. Prasidėjus II pasauliniam karui, klebonija nebuvo užbaigta, todėl ją buvo nesunku paversti Rugajų bažnyčia. Bažnyčia yra 2 aukštų medinis pastatas su skardiniu stogu, kvadrato formos (10,5 m x 10,25 m), yra sėdimos vietos 120 žmonių.
Naujoji Rugajų katalikų bažnyčia pradėta statyti 2012 m., pašventinta 2019 m. liepą. Bažnyčios yra viena šalia kitos.